Một Ủy ban liên hợp gồm các nước trong Khu vực kinh tế châu Âu, các nước thuộc Hiệp hội mậu dịch tự do châu Âu với Ủy ban châu Âu (đại diện Liên minh châu Âu) có nhiệm vụ mở rộng các luật liên quan của Liên minh châu Âu tới các nước hội viên không thuộc Liên minh châu Âu. Một hội đồng Khu vực kinh tế châu Âu sẽ họp mỗi năm 2 lần để điều khiển toàn bộ quan hệ giữa các nước hội viên của Khu vực kinh tế châu Âu.

Thay cho các cơ quan toàn Khu vực kinh tế châu Âu (pan-EEA), các hoạt động của Khu vực kinh tế này được điều chỉnh bởi Cơ quan giám sát của Hiệp hội mậu dịch tự do châu Âu (EFTA Surveillance Authority) và Tòa án của Hiệp hội này (EFTA Court), song song với công việc của Ủy ban châu Âu và Tòa án Cộng đồng châu Âu (European Court of Justice).